In merito alla conservazione delle fatture elettroniche sono stati forniti chiarimenti da parte di Agenzia delle Entrate sia sul proprio sito attraverso le FAQ sia nel corso degli incontri con la stampa specializzata. Per quanto riguarda il videoforum di gennaio tra il CNDCEC (Consiglio Nazionale dei Dottori Commercialisti e degli Esperti Contabili) e l'amministrazione finanziaria, sono state fornite le seguenti indicazioni:

• è possibile effettuare la conservazione sostitutiva della stessa fattura con più soggetti contemporaneamente, ad esempio Agenzia delle Entrate ed un altra società privata che eroga il servizio di conservazione delle e-fatture;
• in caso di affidamento  del servizio di conservazione in outsourcing, il ruolo di responsabile della conservazione può essere ricoperto esclusivamente da una persona fisica interna al Soggetto produttore;
• se un soggetto chiude la partita IVA la conservazione della fattura elettronica è assicurata dall'Agenzia delle Entrate per 15 anni.

Infine, com'è noto, gli operatori che rientrano nel regime di vantaggio o nel regime forfettario non hanno l'obbligo di emissione della fatturazione elettronica, così come per loro non c'è obbligo di conservazione delle e-fatture nel caso in cui non forniscano direttamente alla controparte indirizzo PEC o codice destinatario. L'obbligo di conservazione dell'e-fattura non si verifica nemmeno nel caso in cui il cedente/prestatore acquisisca autonomamente dal registro pubblico INIPEC l'indirizzo PEC del soggetto minimo o forfettario e trasmetta lì la fattura elettronica. A questo proposito si sottolinea l'importanza per i soggetti senza obbligo di fatturazione elettronica di conservare le fatture in modo analogico.