Uno degli ultimi correttivi alla Legge di Stabilità 2016 stabilisce che «non sussiste autonoma organizzazione ai fini Irap nel caso di medici che abbiano sottoscritto specifiche convenzioni con le strutture ospedaliere per lo svolgimento della professione, ove percepiscano per l’attività svolta presso dette strutture più del 75 per cento del proprio reddito complessivo». Come primo criterio di riferimento viene, quindi, considerato quello della percentuale di reddito realizzata all’interno degli ospedali. «Sono in ogni caso irrilevanti , ai fini della sussistenza dell’autonoma organizzazione, l’ammontare del reddito realizzato e le spese direttamente connesse all’attività svolta». D’altro canto, «l’esistenza dell’autonoma organizzazione è comunque configurabile in presenza di elementi che superano lo standard e i parametri previsti dalla Convenzione con il Servizio sanitario nazionale».

L'assoggettabilità ad Irap del medico in convenzione con il Servizio sanitario nazionale è stata oggetto di numerose pronunce della Cassazione, la quale ha affermato più volte che, in linea di massima, non paga l’Irap il medico che usa la normale dotazione strumentale e organizzativa prevista dalla convenzione con l’Asl, anche in considerazione del fatto che l’ammontare dei compensi dipende dal numero dei pazienti assistiti e non dai mezzi a disposizione del professionista.