In fase di prima applicazione la BDNAE è alimentata con i dati relativi agli immobili e alle opere realizzate abusivamente oggetto delle segnalazioni di cui art. 31, comma 7, del decreto del Presidente della Repubblica n. 380 del 2001. La condivisione delle informazioni e' avviata entro dodici mesi dall'entrata in vigore di apposite convenzioni.

Il direttore generale per l'edilizia statale, le politiche abitative, la riqualificazione urbana e gli interventi speciali (ex Direzione generale per la condizione abitativa) e il direttore generale per la digitalizzazione, i sistemi informativi e statistici, congiuntamente adottano un provvedimento amministrativo per: 

1. definire in modo strutturato l'insieme dei dati che dovra' comporre tale sistema informativo, in accordo con le finalita' descritte all'art. 2 del presente decreto ed al contenuto informativo minimo per le segnalazioni ai sensi dell'art. 31, comma 7, del decreto del Presidente della Repubblica n. 380 del 2001; 
2. definire gli organi competenti per ciascun territorio, esplicitandone i relativi ambiti di competenza; 
3. definire le modalita' di accreditamento ed i criteri di abilitazione relativi ai singoli utenti afferenti a ciascun organo competente;
4. definire l'insieme di dati minimo e la relativa struttura che: deve comporre la trasmissione di una segnalazione relativa ad un illecito accertato e/o provvedimento emesso; deve comporre la trasmissione di un'operazione di censimento di ciascun manufatto abusivo da parte di ciascun organo competente;
5. definire i criteri di validazione delle informazioni trasmesse dagli organi competenti; 
6. definire i criteri e le modalita' di aggiornamento delle informazioni fornite da ciascun organo competente per ciascun elemento trasmesso;
7. definire con quali modalita' dovra' essere dato riscontro a ciascun organo competente a seguito della ricezione e dell'avvenuta validazione di una trasmissione
8. definire gli indicatori da produrre che costituiranno la base dati alimentata dagli organi competenti;
9.  definire i criteri di visibilita' e l'insieme dei dati da esporre per la consultazione da parte delle amministrazioni pubbliche competenti in materia di abusivismo edilizio; 
10. stabilire le eventuali necessita' di integrazione con le banche dati nazionali.