Le imprese che beneficiano di questa agevolazione devono conservare tutta la documentazione utile a dimostrare la loro ammissibilità.
L'Agenzia delle Entrate effettuerà i controlli sulla base della documentazione contabile, che dovrà essere certificata dal soggetto incaricato alla revisione contabile o dal collegio sindacale o da un professionista iscritto nel registro dei revisori. Tale certificazione dovrà essere allegata al bilancio. Anche le imprese non soggette a revisione legale dei conti, e prive di collegio sindacale, devono avvalersi della certificazione di un revisore o di una società di revisione. Sono escluse da questo obbligo le imprese con bilancio certificato.
Nel caso in cui, a seguito dei controlli, si accerti l'indebita fruizione del credito (anche parziale), l'Agenzia delle Entrate provvederà al recupero del relativo importo, maggiorato di interessi e sanzioni.