Secondo quanto previsto dal DPCM del 3 dicembre 2013, la conservazione delle fatture elettroniche, così come di altri contenuti che si vogliano conservare con forza legale, deve essere predisposta in uno dei formati previsti dal Decreto del Presidente del Consiglio dei Ministri appena menzionato.
 

La scelta dei formati idonei alla conservazione deve essere strumentale al fatto che il documento assuma le caratteristiche di immodificabilità e di staticità previste dalle regole tecniche. È preferibile privilegiare i formati standard internazionali o, quando necessario, i formati proprietari le cui specifiche tecniche siano pubbliche e ne sia stata data opportuna evidenza nel manuale di conservazione dei documenti informatici. Ulteriore elemento di valutazione nella scelta del formato è il tempo di conservazione previsto dalla normativa per le singole tipologie di documenti informatici. I formati per la conservazione adottati per le diverse tipologie di documenti informatici devono essere indicati nel manuale di conservazione motivandone le scelte effettuate; sono altresì specificati i casi eccezionali in cui non è possibile adottare i formati in elenco motivandone le ragioni.

Vediamo quindi quali sono i formati indicati nel DPCM e le loro peculiarità.

•  Il formato più conosciuto è sicuramente il PDF, acronimo di Portable Document Format concepito per rappresentare documenti complessi in modo indipendente dalle caratteristiche dell’ambiente di elaborazione del documento. Nell’attuale versione gestisce varie tipologie di informazioni quali: testo formattato, immagini, grafica vettoriale 2D e 3D, filmati e può essere firmato digitalmente. Il formato è stato ampliato in una serie di sotto-formati tra cui, il più utilizzato, il PDF/A che è stato sviluppato con l’obiettivo specifico di rendere possibile la conservazione documentale di lungo termine su supporti digitali, lasciandola indipendente da codici e collegamenti esterni che ne possano alterare l'integrità e l'uniformità nel lungo periodo.
•  Il TIFF è un formato immagine digitale del quale vi sono parecchie versioni, alcune delle quali proprietarie (che ai fini della conservazione nel lungo periodo sarebbe meglio evitare). In genere le specifiche sono pubbliche e non soggette ad alcuna forma di limitazione. È un formato utilizzato per la conversione in digitale di documenti cartacei. Il suo impiego va valutato attentamente in funzione del tipo di documento da conservare in considerazione dei livelli di compressione e relativa perdita dei dati.
•  Il formato JPEG può comportare una perdita di qualità dell’immagine originale. Anche in questo caso, come nel caso dei TIFF, avendo una grossa diffusione, può essere preso in considerazione, ma il suo impiego, correlato ad un opportuno livello di compressione va valutato attentamente in funzione del tipo di documento da conservare. JPG è il formato più utilizzato per la memorizzazione di fotografie ed è quello più comune su World Wide Web. Lo stesso gruppo che ha ideato il JPG ha prodotto il JPEG 2000 con estensione .jp2 che può utilizzare la compressione senza perdita di informazione.
•  Office Open XML (OOXML) è un formato di file, sviluppato da Microsoft, basato sul linguaggio XML per la creazione di documenti di testo, fogli di calcolo, presentazioni, grafici e database. Open XML è adottato dalla versione 2007 della suite Office di Microsoft. Il formato Office Open XML dispone di alcune caratteristiche che lo rendono adatto alla conservazione nel lungo periodo, tra queste l’embedding dei font, la presenza di indicazioni di presentazione del documento e la possibilità di applicare al documento la firma digitale XML.
•  ODF (Open Document Format) è uno standard aperto, basato sul linguaggio XML, sviluppato dal consorzio OASIS per la memorizzazione di documenti corrispondenti a testo, fogli elettronici, grafici e presentazioni. Lo standard sottostante (ISO/IEC IS 26300:2006) è ampiamente usato come standard documentale nativo, oltre che da OpenOffice.org, da una ampia serie di altri prodotti disponibili sulle principali piattaforme: Windows, Linux. Mac. È stato adottato come standard di riferimento da moltissime organizzazioni governative e da diversi governi ed ha una "penetrazione" di mercato che cresce quotidianamente.
•  Il formato XML è alla base di numerosi linguaggi standard utilizzati nei più diversi ambiti applicativi. Ad esempio:
  •  SVG usato nella descrizione di immagini vettoriali
  •  XBRL usato nella comunicazione di dati finanziari
  •  ebXML usato nel commercio elettronico
  •  SOAP utilizzato nello scambio dei messaggi tra Web Service
•  Infine, oltre a XML, per quanto concerne i formati non binari “in chiaro”, è universalmente utilizzato il formato TXT. Ai fini della conservazione nell’uso di tale formato, è importante specificare la codifica del carattere (Character Encoding) adottata.