L’Agenzia delle Entrate, con la circolare 34/E del 6.8.2012, afferma che se la dichiarazione Iva è stata omessa, non è possibile riportare il credito o chiederne il rimborso, a prescindere dal fatto che lo stesso sia effettivamente maturato. Il contribuente potrà recuperare il credito attraverso la procedura del rimborso, ma a condizione che abbia sanato l’irregolarità commessa.
Una volta pagate le somme indicate negli esiti della liquidazione, ed entro due anni, il contribuente potrà chiedere all'Agenzia delle Entrate il rimborso del credito, presentando domanda ai sensi dell’articolo 21 del D.lgs. 546/1992. L’ufficio, una volta acquisita la domanda, verificherà l’effettiva esistenza e spettanza del credito, richiedendo eventualmente la documentazione contabile ed extracontabile.

Anche se nella circolare l'Agenzia non specifica i documenti da allegare all'istanza di rimborso, è consigliato presentare copia del registro Iva acquisti e Iva vendite e dei prospetti relativi alle liquidazioni periodiche Iva, nonché copia dei versamenti effettuati (modelli F24). Per consentire agli uffici la verifica della sussistenza del credito, sarà importante allegare anche copia delle fatture d'acquisto, e se il numero delle stesse è rilevante, sarà possibile fornire un campione rappresentativo della tipologia di acquisti effettuati.