In merito al profilo probatorio delle presunzioni, giova domandarsi se gli studi di settore possano essere ricondotti nel novero delle presunzioni legali, e nello specifico di quelle relative, in quello delle presunzioni semplici o addirittura in un tertium genus di presunzioni, risultante dalla commistione delle due tipologie precedentemente indicate; individuare la natura giuridica è particolarmente rilevante, soprattutto in ragione della frequenza e delle modalità d'utilizzo di questo strumento da parte degli Uffici accertatori.

Un primo punto di partenza è, sicuramente, la Legge finanziaria del 2007, che ha rappresentato l'opportunità di una revisione periodica degli studi di settore, e la necessità di tener conto di indicatori di normalità economica volti all'individuazione di ricavi e compensi che possano essere attribuiti al contribuente in relazione alla natura ed al tipo di attività dallo stesso esercitata.

Tra gli autori di dottrina non vi è univocità di vedute in questo senso: alcuni sostengono che si debba escludere che alle risultanze degli studi di settore possa essere attribuita natura di presunzione legale relativa, bensì più propriamente quella di presunzione semplice, altri sostengono la tesi opposta.

La Corte di Cassazione, a Sezioni Unite, con la sentenza n. 26635 del 18 dicembre 2009, ha posto fine in giurisprudenza alla diatriba in merito alla natura delle risultanze degli studi di settore, stabilendo che queste debbano essere considerate presunzioni semplici e non presunzioni legali relative. Questa sentenza rappresenta una vera e propria presa di posizione in merito alle caratteristiche dell'accertamento fondato sugli studi di settore e la Corte, con tale provvedimento, sembra voler far proprio l'orientamento affermatosi come maggioritario nella giurisprudenza di merito (ex pluribus: Commissione Tributaria Provinciale Milano, 15 luglio 2009, n. 137...);

(...)

Nella sentenza annotata la Corte di Cassazione conclude che " In definitiva, la motivazione dell'atto di accertamento non può esaurirsi nel rilievo dello scostamento, ma deve essere integrata con la dimostrazione dell'applicabilità in concreto dello standard prescelto e con le ragioni per le quali sono state disattese le contestazioni sollevate dal contribuente, pena la nullità dell’atto."